L' U.O.C. di Microbiologia Clinica è dedicata alla diagnosi, monitoraggio, sensibilità ai farmaci antibatterici, antifungini ed antivirali e prevenzione delle infezioni causate da microrganismi patogeni. In particolare, l'U.O.C. si occupa dell'esecuzione ed interpretazione di analisi microbiologiche su diversi campioni biologici (sangue, urine, secrezioni, tessuti e altri materiali clinici) finalizzate all’identificazione di batteri, virus, funghi e parassiti, al fine di permetterne la cura, prevenirne la diffusione e riconoscerne i meccanismi di resistenza agli antibiotici. L'U.O.C. è dotata dei più moderni sistemi per la diagnosi rapida della sepsi, delle meningiti, di infezioni che coinvolgono altri apparati, per la diagnosi sierologica e molecolare delle principali infezioni virali e per la diagnosi di infezioni causate da patogeni di importazione. E' inoltre centro di riferimento per la diagnostica della malattia tubercolare e delle infezioni da micobatteri non tubercolari.